1929 taten sich einige fußballbegeisterte Künzinger zusammen und beschlossen einen Fußballverein zu gründen. Die erste offizielle Gründungsversammlung fand im Gasthaus Hochgraßl statt. Auch damals wurden die heutigen Vereinsfarben des FC Künzing rot-weiß gewählt. Erster Vorstand des Vereins war Max Klingseis. Da noch kein Fußballplatz zur Verfügung stand wurde auf der Wiese beim „Klingseis-Bauern“ gespielt. Es fanden nur Freundschaftsspiele statt, das erste Spiel gegen eine Vilshofener Betriebsmannschaft wurde mit 7:0 gewonnen.
1931 beteiligte man sich das erste Mal an der Verbandsrunde. 1934-35 traten die ersten Schwierigkeiten auf. Wegen der allgemeinen Wehrpflicht, Arbeitsdienst und Krieg musste der Spielbetrieb eingestellt werden. Es dauerte bis 1947, dass sich wieder einige Leute zusammen taten um den Verein wieder aufleben zu lassen. Noch im selben Jahr fand sich eine neue Vorstandschaft, der Richard Lösch vorstand. Der Mitgliedsbeitrag betrug zur Neugründung 0,50 Reichsmark. Bereits ein Jahr nach der Wiederaufnahme des Spielbetriebs wurde der FC Künzing Meister der Spielgruppe 8a.
1950 begann man mit dem Bau des Fußballplatzes an der Ohe, der heute noch als Trainingsplatz gerne verwendet wird. Man spielte einige Jahre in der C-Klasse, es wollte kein Aufstieg gelingen. Nach und nach wanderten Spieler ab und 1954 musste erneut der Spielbetrieb eingestellt werden. Nach drei Jahren Fußballabstinenz fand 1957 die Wiedergründung statt. Josef Duschl wurde 1. Vorstand und 30 Erwachsene und 12 Jugendliche traten dem Verein bei. Im Frühjahr 1970 wurde mit dem Umbau des Sportplatzes an der Ohe begonnen. Ein großer Tag in der Fußballgeschichte des FC war der 1. Mai 1972. An diesem Tag fand die Einweihung des neuen Fußballplatzes an der Ohe statt. Im September 1977 wurde beim FC eine neue Abteilung gegründet. Mehrere Frauen taten sich zu einer Gymnastikgruppe zusammen.
Ein Meilenstein in der Vereinsgeschichte war die Planung und Bau des neuen Sportgeländes mit Fußballplatz, Vereinsheim, Tennis-Clubheim, Stockbahnen und drei Tennisplätzen an der Vilshofener Straße. Baubeginn war im Oktober 1985, Einweihung am 12. Juli 1987. Bauträger war die Gemeinde Künzing, die Baukosten beliefen sich auf ca. 2,4 Millionen DM.
Im Rahmen der großen Einweihungsfeier konnte man am 14. Juli den FC Bayern München, mit Spielern wie Lothar Matthäus, Klaus Augenthaler, Karl-Heinz Rummenigge und Uli Hoeneß für ein Spiel gegen eine Niederbayern-Auswahl gewinnen. 1993 wurde wieder gebaut. Ein neuer Trainingsplatz war nötig. Gleich neben dem Hauptplatz entstand der neue Trainingsplatz mit Flutlicht, der bis heute neben dem „alten Fußballplatz“ an der Ohe genutzt wird. 1994 wurde die 1. Mannschaft Meister in der Kreisliga Straubing, dies bedeutete gleichzeitig Aufstieg in die BL West. 1997 konnte als Vizemeister der BL der Aufstieg in die BOL Niederbayern gefeiert werden. Nachdem die 1. Mannschaft bis in die A-Klasse abstieg ging es ab 2010 wieder nach oben. In der Saison 2015-16 spielte man erstmals wieder in der Bezirkslage Ost und schaffte auf Anhieb den 3. Tabellenplatz. Um den vielen Mannschaften des FC beste Trainingsbedingungen bieten zu können wurde der Platz an der Ohe 2014 aufwändig saniert.
Ebenfalls in diesem Jahr konnte der Verein sein 85-jähriges Bestehen gebührend feiern. Im Rahmen dieses Festes wurde dem FC Künzing seitens des BFV die Auszeichnung „Silberne Raute“ verliehen.Über die Ernennung zu Ehrenmitgliedern freuten sich Rudi Bielmeier, Rupert Bachl sen. und Richard Saller. Zum Ehrenvorstand wurde Josef Mayer ernannt.
